Trường Trung học cơ sở Nguyễn Hiền tiền thân là trường Trung học cơ sở Bán công Nguyễn Hiền được thành lập theo quyết định số 84/QĐ-UB-TC ngày 31 tháng 8 năm 2001 của Ủy ban nhân dân Quận 7, tại địa điểm số 36B đường Lâm Văn Bền, Khu phố 5, phường Tân Thuận Tây, Quận 7. Sau 5 năm thành lập, vào ngày 15 tháng 11 năm 2006, Ủy ban nhân dân Quận 7 ban hành Quyết định số 51/QĐ-UBND về việc chuyển đổi loại hình nhà trường từ trường Trung học cơ sở bán công Nguyễn Hiền sang thành trường Trung học cơ sở công lập tự chủ tài chính Nguyễn Hiền. Đến năm 2007, Ủy ban nhân dân Quận 7 tiếp tục ban hành Quyết định số 03/QĐ-UBND ngày 29 tháng 5 năm 2007 về việc đổi tên trường Trung học cơ sở công lập tự chủ tài chính Nguyễn Hiền thành trường Trung học cơ sở Nguyễn Hiền.
Từ năm học 2009 – 2010 trường Trung học cơ sở Nguyễn Hiền được chuyển sang cơ sở mới tại số 66 đường số 1, phường Bình Thuận, Quận 7, Thành phố Hồ Chí Minh với diện tích 12.983,3 m2 bao gồm 3 dãy lầu có 43 phòng học, 9 phòng chức năng và sân chơi. Trường có nhiệm vụ tiếp nhận giảng dạy và giáo dục học sinh từ lớp 6 đến lớp 9.
Từ khi thành lập cho đến nay, nhà trường đã xây dựng được đội ngũ giáo viên có năng lực về chuyên môn, nghiệp vụ với 50/50 giáo viên đạt chuẩn đào tạo theo quy định (tỉ lệ 100%); Trong đó: 01/50 giáo viên trên chuẩn đạt trình độ thạc sĩ (tỉ lệ 2%); 41/50 giáo viên trên chuẩn có trình độ đại học (tỉ lệ 82%), 08/50 đạt trình độ chuẩn (tỉ lệ 16%). Đội ngũ cán bộ, giáo viên và nhân viên có phẩm chất chính trị, đạo đức lối sống tốt, tâm huyết với nghề dạy học, hết lòng vì sự nghiệp giáo dục thế hệ trẻ, có năng lực chuyên môn vững vàng, năng nổ nhiệt tình trong công việc, tinh thần trách nhiệm cao, có nhiều kinh nghiệm, đoàn kết gắn bó, thống nhất.
Tỉ lệ tốt nghiệp trung học cơ sở nhiều năm liên tục đạt 100%. Tỷ lệ học sinh vào lớp 10 công lập hằng năm từ 73.7% trở lên, chất lượng giáo dục ổn định và được giữ vững.
Trường có tổ chức Chi bộ Đảng trực thuộc Đảng bộ phường Bình Thuận – Quận 7. Chi bộ giữ vai trò lãnh đạo trong toàn bộ hoạt động của nhà trường. Các tổ chức khác như: Công đoàn cơ sở, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Đội Thiếu niên tiền phong Hồ Chí Minh; có 8 tổ chuyên môn, 1 tổ văn phòng; Ban đại diện cha mẹ học sinh. Tổng số cán bộ, giáo viên, nhân viên là 62 người. Năm học 2018 - 2019, trường có 28 lớp với tổng số 1273 học sinh.
Công tác quản lý chất lượng giáo dục, trong những năm qua luôn là mối quan tâm hàng đầu của lãnh đạo nhà trường và được tổ chức thực hiện chặt chẽ, có hiệu quả từ cán bộ quản lý đến các tổ chuyên môn. Nhà trường đảm bảo thực hiện đúng, đủ kế hoạch thời gian năm học và nội dung chương trình giáo dục theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo; việc đổi mới phương pháp dạy học và đổi mới kiểm tra đánh giá được đẩy mạnh, bên cạnh đó việc ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý và đổi mới phương pháp dạy học cũng được chú trọng. Hằng năm, nhà trường đều đầu tư thêm thiết bị dạy học ứng dụng công nghệ thông tin. Việc giáo dục đạo đức học sinh cũng được đặc biệt quan tâm, nhà trường chủ trương giáo dục đạo đức học sinh thông qua những tấm gương, những mẫu chuyện đạo đức Hồ Chí Minh... kết hợp với nội dung cuộc vận động xây dựng “Trường học thân thiện, học sinh tích cực”.
Công tác bồi dưỡng đội ngũ được quan tâm và thực hiện thường xuyên. Cùng với việc tiếp tục thực hiện Chỉ thị số 40-CT/TW của Ban Bí thư trung ương Đảng về “Xây dựng, nâng cao chất lượng đội ngũ nhà giáo và cán bộ quản lý giáo dục” và các cuộc vận động của ngành, nhà trường còn khuyến khích và tạo điều kiện cho cán bộ, giáo viên, công nhân viên nâng cao trình độ bằng nhiều hình thức như: tự học, học nâng cao, dự các lớp tập huấn ngắn ngày hoặc tổ chức các buổi hội thảo chuyên đề, dự giờ, sinh hoạt tổ chuyên môn…
Về quản lý tài chính - tài sản, nhà trường thực hiện theo các văn bản pháp quy hiện hành của Nhà nước. Tất cả các nguồn tài chính, tài sản được quản lý, sử dụng một cách hiệu quả, đúng mục đích, theo nguyên tắc công bằng, minh bạch và công khai trên cơ sở Quy chế chi tiêu nội bộ.
Trong 5 năm học gần đây trường đều đạt danh hiệu Tập thể Lao động Xuất sắc và được nhận giấy khen của UBND Thành Phố.